Descripción breve del impacto de los agentes patógenos que afectan los cultivos de peces.

• Columnare o “Silla de montar” (nombre debido a decoloraciones en la base de la aleta dorsal). Flavobacterium columnare,
• Enterobacteriosis, Edwardsiella ictaluri, Edwardsiella tarda. Bacterias Gram negativas, anaeróbicas facultativas. E. ictaluri generalmente es patógeno específico del pez gato y E. tarda, además del pez gato, está asociada a patologías en salmonete, dorada y tilapia.
• Estreptococosis, Streptococcus agalactiae y secundariamente a S. iniae, en tilapias en el rodaballo a Streptococcus parauberis, en trucha arco iris Streptococcus constellatus (Lactococcus garvieae). La estreptococosis puede provocar mortalidades significativas (> 50%).
• Septicemia,  Aeromonas hydrophila. Bacteria que morfológicamente se asemeja a los miembros de la familia Enterobacteriaceae.Causa severas ulceraciones y lesiones necróticas en la piel de los peces.

- PCR (Polymerase Chain Reaction): Técnica basada en la replicación del ADN “in vitro” que consiste en la amplificación (o síntesis) de un fragmento específico de ADN blanco (p. ej. una secuencia del genoma de un virus). Este proceso se realiza en una maquina llamada termociclador, el cual permite realizar ciclos de temperatura necesarios para completar las diferentes etapas de la reacción de síntesis:
1) la desnaturalización del ADN (es decir la separación de las cadenas del ADN),
2) la hibridación (o unión por complementariedad de las bases nitrogenadas entre las cadenas de ADN) de los iniciadores (pequeñas secuencias de ADN sintéticas) específicos de la región del genoma a sintetizar, y
3) la polimerización (o síntesis) del fragmento específico del ADN blanco a detectar. Este proceso es repetido múltiples veces (30 a 40 veces) permitiendo la producción de millones de copias de la secuencia buscada.
Este fragmento puede ser observado en un gel de agarosa por electroforesis, luego de una tinción con bromuro de ethidio e iluminación con rayos ultravioleta. La presencia de una banda del tamaño esperado indica un resultado positivo.

Una variante llamada nested-PCR consiste en la realización de dos PCR sucesivas utilizando un juego diferente de iniciadores específicos en cada una de las reacciones. Esto permite aumentar el nivel de sensibilidad de método de diagnóstico y aumentar la especificidad de la detección.
Otra variante llamada RT-PCR (Reverse transcription-PCR) es utilizada para la identificación de agentes patógenos cuyo genoma es de ADN. Una primera etapa antes de la PCR clásica consiste en convertir un segmento o la totalidad del genoma viral en ADN complementario (ADNc) el cual es utilizado como muestra en la reacción de PCR.

- LAMP (Loop-mediated Isothermal Amplification) es una técnica innovadora basada en la amplificación de secuencias de ADN, pero que no requiere de ciclos de temperatura como en la PCR. La técnica emplea 4 juegos de iniciadores en la misma reacción, lo cual aumenta el grado de especificidad, y la síntesis del ADN se completa a una sola temperatura (reacción isotérmica). El resultado se observa mediante la técnica de electroforesis como en el caso de la PCR. La identificación de una reacción positiva puede realizarse mediante la observación de turbidez en el tubo de reacción o mediante la medición de un agente fluorescente incorporado en la reacción.

- Real-Time-PCR es una técnica de PCR que permite la cuantificación (es decir la determinación del número de copias) de la secuencia de ADN blanco en la muestra analizada. El termociclador esta asociado a un modulo óptico que analiza en tiempo real el avance de la reacción de PCR y transmite la información a una computadora donde se visualiza la cantidad de secuencias sintetizadas. Por ende, esta técnica no requiere de un análisis posterior por electroforesis. La reacción es monitoreada mediante el uso de agentes fluorescentes, que emiten una fluorescencia proporcional con la cantidad de secuencias producidas. Esto permite obtener datos que indican la cantidad inicial de la secuencia en la muestra analizada. Por otra parte, esta técnica es muy utilizada para evaluar la expresión de los genes (por ejemplo genes inmunitarios implicados en la resistencia a los patógenos) y así realizar una selección de animales asistido por marcadores moleculares, por ejemplo en el marco de programas de mejoramiento genético.